1 のバックアップ(No.1)

ターミナルソフトを起動し、以下のGitコマンドを使って必要なファイルをダウンロードします。 ```bash $ git clone https://github.com/take-pwave/jupyter.git ``` Gitでcloneを作った場合、ブランチを作成しておくと追加されたnotebookの取り込みが楽になります。

```bash $ cd jupyter $ git branch develop $ git checkout develop ```

gitコマンドが使えない場合には、以下のURLの「Clone or download」をクリックし、Download ZIPを選択してください。

https://github.com/take-pwave/jupyter

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3.2. boxファイルのダウンロード †

Vagrantには、自分の作成した仮想マシンをからboxファイルを作成するpackage機能が提供されています。 Ubuntu14.04にSageMathをインストールして、以下のパッケージを追加したboxを私の公開しているSage サーバ（www15191ue.sakura.ne.jp）にアップしました。

私の公開しているSageMath環境には、以下のパッケージをインストールしています。

pythonパッケージ
- pandas 0.18.1

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3.3. 仮想マシンの起動 †

jupyterをダウンロードしたディレクトリをDOWNLOAD_DIRとします。ターミナルソフトを起動して、以下のコマンドを入力してください（$ の後のコマンドを入力）。

```bash $ cd DOWNLOAD_DIR/MySageMath $ vagrant up ```

Sageサーバからboxファイルがダウンロードされ、仮想マシンが起動します。

boxをダウンロードしている途中にtime outでエラーになった場合には、再度vagrant upを実行すると以前ダウンロードしたファイルに追加して処理します。

3.81GBのファイルをダウンロードするため、完了するまでかなり時間が掛かります。

ダウンロードが終わり、仮想マシンが起動すると以下の様な画面が表示されます。 ``` ==> default: Clearing any previously set network interfaces... ==> default: Preparing network interfaces based on configuration...

   default: Adapter 1: nat

==> default: Forwarding ports...

   default: 8888 (guest) => 8888 (host) (adapter 1)
   default: 22 (guest) => 2222 (host) (adapter 1)

==> default: Running 'pre-boot' VM customizations... ==> default: Booting VM... ==> default: Waiting for machine to boot. This may take a few minutes...

   default: SSH address: 127.0.0.1:2222
   default: SSH username: vagrant
   default: SSH auth method: private key
   default: Warning: Remote connection disconnect. Retrying...

==> default: Machine booted and ready! ==> default: Checking for guest additions in VM... ==> default: Mounting shared folders...

   default: /vagrant => /Users/take/proj/jupyter/MySageMath

==> default: Machine already provisioned. Run `vagrant provision` or use the `--provision` ==> default: flag to force provisioning. Provisioners marked to run always will still run. ```

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3.4. 仮想マシンの停止 †

仮想マシンを終了するには、以下のコマンドを入力してください（$ の後のコマンドを入力）。

```bash $ vagrant halt ```

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4. SageMathを使ってみる †

ブラウザーで以下のURLを開きます。 ``` http://localhost:8888/ ```

jupyterの初期画面が表示されます。

#ref(): File not found: "jupyter_screen.png" at page "images"

新しくノートブックを作成する場合には、ここで表示されているnotebookディレクトリ中で作成してください。

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4.1. ノートブックを見る †

ブラウザーに表示された「notebook」をクリックし、その中の「GettingStart.ipynb」をクリックしてください。

以下の様に「GettingStart」ノートブックの内容が表示されます。

#ref(): File not found: "GettingStart_nb.png" at page "images"

File, Edit等のメニューが並んでいる右端には、現在実行しているカーネル（ここではSageMath 7.2）の種類が表示されます。もしも現在稼働中のカーネルが異なっている場合には、「Kernel」→「Change kernel」メニューから「SageMath 7.2」を選択してください。

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4.2. ノートブックファイルの場所 †

jupyterのnotebook内に作成されたファイルは、vagrantのファイル共有機能を使って仮想マシンを実行しているマシン（ホストマシン）のDOWNLOAD_DIR/MySageMath/notebookに保存されます。

作成したノートブックのバックアップやファイルの追加・削除もホストマシンで簡単にできます。

#ref(): File not found: "notebook_dir.png" at page "images"

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5. Githubの更新情報を取り込む †

これまで作成したSageのノートブックをjupyterに移植するため、Githubの内容は日々更新されます。

gitコマンドを使って安全にGithubの更新情報を取り込む方法を説明します。

最初に作業中のブランチがdevelopであることを確認します。 developに*が付いており、作業中のブランチがdevelopであることを確認できました。 ```bash $ git branch

develop
```
 master
```
``` 次に、現在の作業をコミットします。ここではコミットのコメントを'temp snap'としました。 ```bash $ git add . $ git commit -m 'temp snap' ```

ブランチをmasterに変更し、Githubの更新を取り込みます。 ```bash $ git checkout master $ git pull ```

再度、ブランチをdevelopに切換、masterへの変更をdevelopに取り込みます。 ```bash $ git checkout develop $ git rebase master ```

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6. boxファイルを他のマシンで使用 †

複数のマシンでSageMathを使いたい場合、毎回boxファイルのダウンロードに時間が掛かってしまい大変です。

自分の環境のMySageMath仮想マシンからboxファイルを作成し、他のマシンで使用する方法を紹介します。

以下のコマンドで現在使用しているMySageMath仮想マシンのboxファイルを作成します。 ```bash $ cd DOWNLOAD_DIR/MySageMath $ vagrant package ==> default: Clearing any previously set forwarded ports... ==> default: Exporting VM... ==> default: Compressing package to: /Users/take/proj/jupyter/MySageMath/package.box

```

これで、package.boxファイル（3.81GB）が出来上がります。 USBメモリ等でpackage.boxを他のマシンにコピーし、以下のコマンドを使って取り込みます。作業が完了すれば、package.boxは不要なので削除します。 ```bash $ vagrant box add MySageMath package.box $ rm package.box ```

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7. パッケージ関連 †

MySageMathのboxにインストールされている（あるいはしたい）パッケージは、以下のページを参照してください。

SageMathへのパッケージの追加方法:addpackageinto_sage.md