JAGS のバックアップ(No.6)

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- 4 (2012-09-05 (水) 19:11:21)
- 5 (2012-09-11 (火) 21:59:28)
- 6 (2013-04-09 (火) 12:54:38)

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JAGSとは
Mac版
コメント

2011/07/15からのアクセス回数 4524

JAGSとは †

JAGSは、Just Another Gibbs Samplerの略で、マルコフ連鎖モンテカルロ法の一つであるギブス・サンプラーです。

SageのRからJAGSを使うために、Mac OS X (Lion)とCentOS 5.7にJAGSをインストールした記録を忘備録として残しておきます。

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Mac版 †

Mac版のJAGSは、MacPortsとJAGSの本家の両方がありますが、SageのRから使う場合には、本家のバイナリでないとRのバッケージrjagsのコンパイルに失敗してしまいます。

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バック版のバイナリ †

次のサイトの http://sourceforge.net/projects/mcmc-jags/files/JAGS/3.x/Mac%20OS%20X/ から、 JAGS-3.1.0.dmg をダウンロードして、ダブルクリックするとJAGS 3.1.0uのパッケージが表示されますので、これを使ってインストールします。

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Rパッケージのインストール †

Rを起動して、コンソール画面で以下のコマンドを実行するとrjagsパッケージがインストールされます。

> install.packages('rjags')

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Sage4.8のRパッケージを追加する場合 †

SageのRパッケージは、notebookからでもインストールできるのですが、rjagsはC++のプログラムをコンパイルしますので、ターミナルから以下のように実行してインストールします。（以下sageのインストールされているディレクトリをSAGE_ROOTと表します）

$ SAGE_ROOT/sage -R
> install.packages('rjags')
ダウンロードサイト一覧がでますので、44番のJapan(Tokyo)を選択します。
Selection: 44

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Sage5.0ではダメ †

Sage5.0の場合には、上記の方法ではダメでした。 rjagsのソースをダウンロードして、以下のようにコマンドラインにrjagsのconfigure様のオプションを指定したりして実行しましたが、失敗しました。

$ ~/local/sage-4.8/sage -R CMD INSTALL --configure-args='--with-jags-lib=/usr/local/lib \
 --with-jags-modules=/usr/local/lib/JAGS/modules-3' rjags_3-2.tar.gz

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コメント †

皆様のご意見、ご希望をお待ちしております。

Sage 5.2 でもダメでした (sage -R --> R version 2.14.0 (2011-10-31) ) -- kd? 2012-09-05 (水) 18:54:04
Sage公開サーバ http://www15191ue.sakura.ne.jp:8000/ にもrjagsをインストールしてありますので、こちらをお使い下さい。 -- 竹本　浩? 2012-09-05 (水) 19:11:21
Sage をソースから make したら（v. 5.3）、R package に関係するこのようなトラブルが無くなりました。 -- kd? 2012-09-11 (火) 19:33:40
kdさん、うまく動くようになってよかったですね。Sageのコンパイルは時間掛かりますよね、お疲れ様でした！ -- 竹本　浩? 2012-09-11 (火) 21:59:28
私もSage-5.8をソースから作成し、以下のコマンドでrjagsをインストールしたら、Rに関するトラブルなくインストールできました。-- 竹本　浩? 2013-04-09 (火) 12:54:38
```
install.packages("rjags", type="source", configure.args="--with-jags-lib=/usr/local/lib \
 --with-jags-include=/usr/local/include/JAGS --with-jags-modules=/usr/local/lib/JAGS/modules-3")
```

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