FrontPage

2016/07/3からのアクセス回数 3623

仮想マシン環境を使ったSage jupyter環境構築 †

Sageのノートブックに様々な記事を書いていますが、環境がどんどん変わってしまい、 他の人が同じことをするのが、大変な事態になってしましました。

そこで、仮想マシンにSage jupyter環境を構築し、vagrantを使って手順を自動化することにより、 同じ体験を共有できるようにしました。

以下のGithubサイトに「Vagrantを使ったSage jupyter環境構築」を紹介しています。

↑

公開直後（2016/07/02） †

公開直後のReadMeのPDFを添付しました。

↑

テキストブックの登録作業 †

↑

日本語環境への対処（2016/07/02） †

sageのpythonは、バージョン2.7で日本語との相性がよくありません。そこで、sitecustomize.pyを sageのsite-package配下にコピーする必要があります。

ダウンロードしたbootstrap.shに以下の1行が含まれていない場合には、

cp /vagrant/sitecustomize.py /usr/lib/sagemath/local/lib/python2.7/site-packages/

ターミナルソフトで、jupyter/vagrantに移動して、以下の$の後のコマンドを実行してください。

$ cd DOWNLOAD_DIR/vagrant
$ vagrant ssh
Welcome to Ubuntu 14.04.4 LTS (GNU/Linux 3.13.0-86-generic x86_64)

 * Documentation:  https://help.ubuntu.com/

 途中省略

Last login: Sat Jul  2 09:01:42 2016 from 10.0.2.2
vagrant@vagrant-ubuntu-trusty-64:~$ sudo cp /vagrant/sitecustomize.py /usr/lib/sagemath/local/lib/python2.7/site-packages/
↑

010から040まで登録（2016/07/03） †

vagrant/notebook/textbookに以下のページを追加しました。

↑

トップのReadMeを追加（2016/07/09） †

トップのReadMeにSageサーバからMySageMathのboxをダウンロードして、使用する方法を紹介。 テキストブックには、以下のページを追加しました。

↑

テキストブックの場所を移動（2016/07/10） †

vagrant/notebook/textbookを/MySageMath/notebook/texbookに移動しました。

↑

R連携のtext_120_with_Rを追加（2016/07/10） †

R連携でPDFをjupyterで表示するために、Wandパッケージを追加しました。 また、RUtil.pyもjupyter対応しました。

apt-getで以下のパッケージを追加

$ sudo apt-get install libmagickwand-dev

pipでWandをインストール

$ sudo sage -sh
(sage) $ pip install Wand
↑

テキストブックの移植完了（2016/07/11） †

以下のテキストブックを追加して、移植は完了です。

↑

久保本のノートブックを追加（2016/07/17） †

pythonのパッケージseabornを追加しました。

$ sudo sage -sh
(sage) $ pip install seaborn

7章では、Rのパッケージインストール文のコメントを外してインストールしてください。

#r("install.packages('glmmML')")
↑

久保本の9章、10章を追加 †

pythonのパッケージseabornを追加しました。

$ sudo sage -sh
(sage) $ pip install pyjags

Rのcodaとrjagsパッケージをインストールします。

$ wget https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/rjags/rjags_3-15.tar.gz
$ sage -R <<\EOF
options(repos='http://cran.us.r-project.org')
install.packages("coda")
install.packages("rjags_3-15.tar.gz", repo=NULL, type="source")
EOF
↑

Windows環境での仮想マシン環境構築について †

以下のサイトにWindowsマシンでのVagrantを使った環境構築手順が紹介されています。 vagrant sshの代わりにTeraTermを使ってアクセスする部分がポイントになります。

トップ   新規 一覧 単語検索 最終更新   ヘルプ   最終更新のRSS
SmartDoc