[[FrontPage]] #contents 2011/07/15からのアクセス回数 &counter; ** JAGSとは [#v1c5b5c7] JAGSは、Just Another Gibbs Samplerの略で、マルコフ連鎖モンテカルロ法の一つであるギブス・サンプラーです。 SageのRからJAGSを使うために、Mac OS X (Lion)とCentOS 5.7にJAGSをインストールした記録を忘備録として残しておきます。 ** Mac版 [#y3adf6ad] Mac版のJAGSは、MacPortsとJAGSの本家の両方がありますが、SageのRから使う場合には、本家のバイナリでないとRのバッケージrjagsのコンパイルに失敗してしまいます。 *** バック版のバイナリ [#wbcef721] 次のサイトの http://sourceforge.net/projects/mcmc-jags/files/JAGS/3.x/Mac%20OS%20X/ から、 JAGS-3.1.0.dmg をダウンロードして、ダブルクリックするとJAGS 3.1.0uのパッケージが表示されますので、これを使ってインストールします。 *** Rパッケージのインストール [#j08c938d] Rを起動して、コンソール画面で以下のコマンドを実行するとrjagsパッケージがインストールされます。 #pre{{ > install.packages('rjags') }} *** Sage4.8のRパッケージを追加する場合 [#h0a88752] SageのRパッケージは、notebookからでもインストールできるのですが、rjagsはC++のプログラムをコンパイルしますので、ターミナルから以下のように実行してインストールします。(以下sageのインストールされているディレクトリをSAGE_ROOTと表します) #pre{{ $ SAGE_ROOT/sage -R > install.packages('rjags') ダウンロードサイト一覧がでますので、44番のJapan(Tokyo)を選択します。 Selection: 44 }} *** Sage5.0ではダメ [#s649dff2] Sage5.0の場合には、上記の方法ではダメでした。 rjagsのソースをダウンロードして、以下のようにコマンドラインにrjagsのconfigure様のオプションを指定したりして実行しましたが、失敗しました。 *** Sage5.8のソース版ならOK [#s649dff2] 最新のSage5.8は、最新のXCodeのGCCでコンパイルできるので、sage-5.8.tarをダウンロードし、ソースからSage-5.8を作ります。 以下の様にrjagsのソースかインストールするように指定しればインストールできます。 #pre{{ $ ~/local/sage-4.8/sage -R CMD INSTALL --configure-args='--with-jags-lib=/usr/local/lib \ --with-jags-modules=/usr/local/lib/JAGS/modules-3' rjags_3-2.tar.gz }} install.packages("rjags", type="source", configure.args="--with-jags-lib=/usr/local/lib \ --with-jags-include=/usr/local/include/JAGS --with-jags-modules=/usr/local/lib/JAGS/modules-3") }} ** コメント [#bd75ba9b] #vote(おもしろかった[1],そうでもない[0],わかりずらい[0]) 皆様のご意見、ご希望をお待ちしております。 - Sage 5.2 でもダメでした (sage -R --> R version 2.14.0 (2011-10-31) ) -- [[kd]] &new{2012-09-05 (水) 18:54:04}; - Sage公開サーバ http://www15191ue.sakura.ne.jp:8000/ にもrjagsをインストールしてありますので、こちらをお使い下さい。 -- [[竹本 浩]] &new{2012-09-05 (水) 19:11:21}; - Sage をソースから make したら(v. 5.3)、R package に関係するこのようなトラブルが無くなりました。 -- [[kd]] &new{2012-09-11 (火) 19:33:40}; - kdさん、うまく動くようになってよかったですね。Sageのコンパイルは時間掛かりますよね、お疲れ様でした! -- [[竹本 浩]] &new{2012-09-11 (火) 21:59:28}; - 私もSage-5.8をソースから作成し、以下のコマンドでrjagsをインストールしたら、Rに関するトラブルなく インストールできました。-- [[竹本 浩]] &new{2013-04-09 (火) 12:54:38}; #pre{{ install.packages("rjags", type="source", configure.args="--with-jags-lib=/usr/local/lib \ --with-jags-include=/usr/local/include/JAGS --with-jags-modules=/usr/local/lib/JAGS/modules-3") }} #comment_kcaptcha }}